南京大学医学院的前身为中央大学医学院，创建于1935年，1949年解放后改名为南京大学医学院，1951年划归部队系统，1987年经教育部(原国家教委)批准重建，成为教育部直属的第一所综合性大学七年制医学院。2012年入选教育部卓越医生培养计划-拔尖创新人才培养计划，开始试办八年制医学教育，目标是培养杰出的领导型临床学家和医学科学家，办学理念和人才培养独具特色。
现设临床医学(八年制)、基础医学(七年制)和口腔医学(七年制)三个专业。现有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。美国科技信息所的ESI数据库最新统计结果显示：医学院临床医学学科进入全球排名前1%，是南京大学11个进入全球前1%的学科之一。
以南京鼓楼医院、南京军区南京总医院(金陵医院)和南京口腔医院作为附属医院，并以南京市各专科医院作为教学医院，师资力量雄厚，现有中国工程院院士2人，博士生导师56人，教授151人，副教授220人。近三年获国家科技进步一等奖1项、二等奖1项，获教育部高等学校科技进步一等奖5项、二等奖2项。近三年获国家重大科研项目8项，国家自然科学基金204项，总累计科研经费约1.7亿元。
除了学校的各类奖、助学金外，本院专设有“吴阶平基金会优秀贫困大学生助学专项基金”和“校友助学专项基金”等助学金，资助品学兼优、家境贫寒的学生完成学业;还专设有“香港孙明杰基金会威尔曼优秀研究生奖学金”，奖励优秀研究生。
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