甘南藏族自治州卫生学校于1977年开始着手筹建工作，于1979年完成，同年十月举行了开学典礼。学校坐落于甘南藏族自治州首府所在地合作市，占地面积23333㎡，其中教学楼1519㎡，实验楼1382㎡，电教楼637㎡，其他教学附属建筑10598㎡，学生规模从最初的200人发展到今天的600人，专业设置也扩大为社区医学、藏医士、妇幼卫生、检验、成人中专等六个专业。
甘南藏族自治州卫生学校的成立，标志着甘南州的卫生教育事业有了一个良好的开端，为甘南州医疗卫生事业的发展奠定了坚实的基础。二十多年来，学校本着“认真贯彻执行党和国家的教育方针和卫生工作方针，为甘南州民族地区培养具有一定文化基础知识、基础理论、专业知识、实际综合技能和德智体全面发展的较高素质的卫生技术人员”的办学宗旨，严格按照中等专业学校的教学规程，开展学校的各项工作，使学校呈现出目前多学科多层次的办学规模，取得了较好的社会效益。
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